После его отставки в октябре того же года Заварухин возглавил команду. Он не только вывел «Трактор» в плей-офф, но и дошел с ним до полуфинала Кубка Гагарина. Однако по окончании сезона руководство клуба не стало продлевать с ним контракт. В конце мая 2025 года специалист ушел работать ассистентом главного тренера в «Автомобилист», где наставником был его двоюродный брат Николай Заварухин.

В апреле 2026 года «Автомобилист» отправил Николая Заварухина в отставку после неудачного сезона. Теперь стало известно, что тренерский штаб покидает и Алексей Заварухин. Куда он направится дальше, пока неизвестно. Но в Челябинске его имя помнят и как одного из самых преданных игроков клуба, и как тренера, который сумел вдохнуть жизнь в команду в трудный момент.