Первоначальной задачей организации стало возведение Магнитогорского металлургического комбината. Впоследствии «Магнитострой» построил все металлургические переделы ММК, а затем провел их реконструкцию. С 1936 года предприятие функционировало как строительно-монтажный трест.

В марте 1945 года «Магнитострой» был удостоен ордена Ленина. 24 апреля 1946 года коллегия Министерства черной металлургии приняла решение о передаче на постоянное хранение коллективу треста знамени Государственного Комитета Обороны.

В 1951 году «Магнитострой» стал одним из первых в стране, кто освоил строительство жилых домов из крупных панелей. Это позволило поставить на индустриальный поток жилищное строительство. А в 1979 году за большой вклад в сооружение крупнейшего в стране Магнитогорского металлургического комбината и города Магнитогорска трест был награжден орденом Октябрьской Революции.

Современный «Магнитострой» является одной из значимых генподрядных строительных организаций России. Трестом выполняются все виды общестроительных работ в Челябинской, Тюменской областях, Республике Башкортостан, Ханты-Мансийском автономном округе. Одновременно «Магнитострой» принимает участие в строительно-восстановительных работах.